L’enseignement de l’estonien débuta aux Langues’O en 1935, à l’initiative d’Aurélien Sauvageot, titulaire de la chaire des langues finno-ougriennes.

Le premier enseignant fut Aleksander Aspel, critique littéraire estonien et spécialiste de littérature française, qui donna d’abord des cours bénévolement, avant d’obtenir en 1938 un poste de lecteur. 
L’enseignement de l’estonien était alors consacré par un diplôme.
Après le départ d’Aleksander Aspel (1946), l’enseignement fut assuré pendant une année par Jenny Neggo-Vyssokotsky, avant que celle-ci ne quitte à son tour la France. L’enseignement de l’estonien s’interrompit ensuite pendant deux ans. De 1949 à 1951, les cours furent assurés par Tamara Kann-Ainsaar, qui dut s’interrompre pour des raisons de santé. En 1951-1952, le pasteur Ilmar Ainsaar la remplaça. Une nouvelle interruption de deux ans suivit, jusqu’à ce qu’Aleksander Aspel, revenu des États-Unis, rétablisse l’enseignement en décembre 1954. En 1959, Vahur Linnuste, exilé estonien venu de Suède, fut recruté comme chargé de conférences. 

Le diplôme d’estonien fut à nouveau délivré, jusqu’en 1971, année où furent créés pour les langues enseignées aux Langues’O différents diplômes d’établissement, parmi lesquels le Certificat de langue et civilisation (CLC, en deux ans), le Diplôme unilingue de langue et civilisation orientale (DULCO, en trois ans) et le Diplôme supérieur (DS, en quatre ans). Pour l’estonien, le faible nombre d’heures de cours ne permit pas de mettre en place un DULCO et seul le Certificat de langue et civilisation fut alors délivré.

Après le départ en retraite de Vahur Linnuste (1990), le Professeur responsable des langues finno-ougriennes, Jean-Luc Moreau, assura l’intérim pendant une année en donnant un cours optionnel de grammaire estonienne dans le cadre du diplôme de finnois.

L’année suivante, un cursus d’estonien fut rétabli, débouchant sur le Certificat de langue et civilisation. Les cours pratiques étaient assurés par Malle Talvet, chargée d’affaire du gouvernement estonien en France et boursière du gouvernement français, tandis que Jean-Luc Moreau se chargeait de l’enseignement de la grammaire.

Après le départ de Malle Talvet (1994), plusieurs étudiants estoniens boursiers du gouvernement français assureront successivement les cours pratiques : Tiiu Grünthal (1994-1996), Tanel Lepsoo (1996-1997 et 1998-1999), Lembe Lokk et Meelike Naris (1998), Marek Tamm (civilisation, 1998-1999). Des chargés de cours interviendront également dans l’enseignement, soit pour pallier l’absence momentanée d’étudiant boursier, soit pour assurer des cours plus spécifiques : Antoine Chalvin (1994-1998), Jean Pascal Ollivry (1998-1999), Suzanne Champonnois (Histoire des pays baltes, Histoire de l’Estonie).

À la rentrée 1999, le recrutement d’Antoine Chalvin sur un nouveau poste de maître de conférences en langues et littératures estonienne et finnoise permet la mise en place d’une troisième année et la création d’un DULCO d’estonien.

Les boursiers estoniens ont été depuis lors : Marge Käsper (1999-2000, premier semestre), Marrit Sink (2001-2002) ; les chargés de cours : Krista Pikkat (depuis le 2^e semestre 1999-2000), Sigrid Kristenprun (2000-2003).

À la rentrée 2003, l’arrivée d’une lectrice rémunérée par le gouvernement estonien, Malle Rüütli, permet la création d’un diplôme supérieur (4 années d’études).